C’est pourquoi, la couleur est souvent considérée comme étant l’un des critères de reconnaissance des minéraux. Or, s’il est vrai que certains minéraux ont une couleur propre, bon nombre d’entre eux n’ont pas de couleur qui leur soit attitrée. Le quartz pour ne citer que celui-ci peut être rencontré sous toute la gamme des couleurs ou presque : incolore, blanc, violet en tant qu’améthyste, bleu rarement, jaune orangé en tant que citrine, rouge hématoïde ou encore noir fumé ou morion.

Mais si l’on cherche à comprendre les causes de la couleur dans un minéral, la fascination provoquée par l’esthétique doit laisser place à une toute autre matière, la physique quantique. En effet, bien que très peu romantique, la couleur prend le plus souvent ses sources dans les interactions entre la lumière (énergie) et les électrons.

On peut distinguer les interactions physiques, pour lesquelles la lumière n’est affectée que d’une manière élastique, c’est à dire que sa direction est perturbée mais pas son intensité ; on peut citer les phénomènes de réfraction, diffusion ou diffraction ; des interactions chimiques où les interactions sont inélastiques, pour lesquelles une partie de l’énergie de la lumière est absorbée. Il s’agit ici principalement de phénomènes d’absorption par des éléments de transition, de centres colorés ou par des transferts de charges dans des groupements de plusieurs atomes.